中心实行院系两级管理体制，实验中心主任由教学副院长担任，实验室主任公开选拔，实行主任负责制和任期制。学院成立了专门的管理机构、建设领导小组和评估专家小组，各系也成立了相应的实验室建设领导班子。实行垂直领导，以制度定管理，定岗定编；实验中心设实验准备室，对实验设施和实验材料实行集中统一管理，进一步提高设备利用率，实现资源有效共享。